La primera certificación de los médicos se llevó a cabo en el mes de octubre de 1976. Después de una etapa de asentamiento y consolidación el Consejo inició en el año de 1993 el proceso de recertificación con vigencia de 5 años siguiendo la recomendación emitida por el Comité de Certificación de la Academia.

Después de los años transcurridos y los objetivos logrados, la Academia de Medicina propuso la formación de un Comité integrado por la Academia Nacional de Medicina, la Academia Mexicana de Cirugía y la Asamblea constituida por los 44 Consejos de Especialidades Médicas con idoneidad, entre los que se encontraba el de Medicina de Rehabilitación.

El Comité quedó formalmente constituido el 15 de febrero de 1995, denominándosele Comité Normativo de Consejos de Especialidades Médicas (CONACEM), que tiene carácter permanente, multidisciplinario y representativo y da a todas las partes interesadas la seguridad y confianza en la rectitud del sistema y en cuya declaratoria de principios establece que: "Los consejos de especialidades médicas son Asociaciones Civiles creadas por los propios especialistas para regular su actuación en base a los requisitos necesarios de preparación y adiestramiento en cada campo de la práctica médica y a la demostración de competencia en exámenes de certificación. Dado el dinamismo de la ciencia médica, los Consejos de Especialidades regulan también la actualización de los especialistas mediante pruebas de recertificación"

El Consejo Mexicano de Medicina de Rehabilitación obtuvo la idoneidad por este Comité en 1995 y después de haber cumplido cabalmente con su reglamento le fue renovada en diciembre del año 2000 con vigencia de 5 años.

Hasta diciembre del año 2006 el Consejo Mexicano de Medicina de Rehabilitación ha certificado a 1166 médicos especialistas y de ellos 400 cuentan con su recertificación.